L’air ambiant qui pénètre dans les réservoirs provoque une condensation d’eau chargée en impuretés qui, au double contact de l’eau et du gazole, vont créer une prolifération bactérienne, à l’origine d’un dépôt de biomasse. Ces déchets peuvent générer des pannes en colmatant filtres et injecteurs. Le gazole à bord impose donc l’utilisation de 2 types de produits : un additif en mesure d’éliminer l’eau des réservoirs et de favoriser la combustion, ainsi qu’un biocide capable de détruire les bactéries. Par ailleurs, il est souhaitable de pouvoir éliminer avec un dispersant le gazole répandu accidentellement en mer. Autre incident à prévoir, la confusion lors du remplissage entre différents réservoirs, eau et gazole notamment. Un détergent alcalin permettra d’éliminer le gazole présent dans l’eau.