El aire ambiente que penetra en los depósitos provoca una condensación de agua cargada de impurezas que, al contacto doble con el agua y el gasóleo, crean una proliferación bacteriana de la cual resultará un depósito biomasa. Estos desechos pueden generar averías por taponamiento de filtros e inyectores. El gasóleo a bordo impone la necesidad de utilizar 2 tipos de productos: un aditivo para eliminar el agua de los depósitos y favorecer la combustión, así como un biocida capaz de destruir las bacterias. Por otro lado, es recomendable poder eliminar con un dispersante el gasóleo esparcido accidentalmente en el mar. Otro incidente que hay que prever, es la confusión en el momento del relleno entre diferentes depósitos, agua y gasóleo particularmente. Un detergente alcalino permitirá eliminar el gasóleo presente en el agua.